Ksantāna sveķu pamatā ir tās polisaharīdu ķēde; tā mugurkaulu veido glikozes vienības, kas savienotas kopā ar -1,4 glikozīdu saitēm, veidojot garu, lineāru ķēdi. Šī mugurkaula lineārā struktūra nodrošina stabilu pamatni visai molekulai, ļaujot tai saglabāt starpmolekulāro izvietojumu un strukturālo integritāti ūdens šķīdumos. Tieši šis stabilais mugurkauls ļauj ksantāna sveķim uzrādīt ievērojamu viskozitāti un izcilas reoloģiskās īpašības pat zemās koncentrācijās. Ksantāna molekulā, kas stiepjas no specifiskām glikozes vienībām gar šo mugurkaulu, ir trisaharīdu sānu ķēdes, kas sastāv no mannozes, glikuronskābes un mannozes. Glikuronskābes atlikumos šajās sānu ķēdēs ir karboksilgrupas (–COOH), kas var veidot sāļus ar metālu joniem, -piemēram, nātrija, kālija vai kalcija-, tādējādi pārvēršot ksantānskābi par ksantāna sveķiem. Šīs sānu ķēdes ne tikai uzlabo molekulas sterisko struktūru un šķīdību, bet arī piešķir ksantāna sveķiem neņūtona šķidruma īpašības; tas nozīmē, ka tā šķīdumi uzrāda palielinātu plūstamību, ja tie tiek pakļauti maisīšanas vai bīdes spēkiem, tomēr saglabā savu konsistenci, atstājot stāvēt.
Karboksilāta grupas ksantāna sveķos ir galvenās tās molekulārajā funkcionalitātē. Veidojot jonu saites ar metālu joniem, ksantāna sveķi iegūst izturību pret skābēm, bāzēm un sāļiem, kā arī zināmu termiskās stabilitātes pakāpi. Šīs sāls grupas pastiprina molekulas stabilitāti ūdens vidē, ļaujot tai saglabāt koloidālo struktūru sarežģītos apstākļos, vienlaikus nodrošinot dažādas funkcijas, tostarp emulgāciju, suspensiju un sabiezēšanu. Līdz ar to ksantāna sveķi vienlaikus kalpo kā polimēru polisaharīds un funkcionāls sāls-materiāls, kam ir nozīmīga vērtība un pielietojums pārtikas, farmācijas, kosmētikas un rūpniecības nozarēs.
